隨著研究的深入，復雜生理性狀的分子剖析及與農藝性狀的遺傳關系研究日臻重要。高等植物葉片所含的葉綠素a和b是葉綠體中主要的光合色素，對光能的吸收和利用起著重要的作用，進而影響光合作用的效率。研究表明，葉綠素是作物生長的重要農學參數，在不同養分脅迫水平下，葉綠素含量表征了作物的生產能力，不同葉位葉綠素含量的葉色值與葉片含氮量、水稻產量形成密切相關。
在高光強下，葉綠素含量與光合作用速率有著密切的相關關系，水稻劍葉總葉綠素含量、葉綠素 a 含量與凈光合速率顯著正相關，葉綠素b 含量與凈光合速率的正相關關系接近顯著水平，較高的葉綠素含量和較長的葉綠素含量相對穩定期為具有超高產潛力的水稻品種葉片吸收更多光能提供了良好的生理基礎。而且，葉綠素含量的下降可作為葉片衰老開始的標志和逆境條件下生理反應的重要參數。因此，在稻作研究和生產實踐中，常利用葉片葉綠素的含量來判斷稻株的營養水平、光合生產能力、逆境脅迫程度等。
位于第 6染色體的RM197-RZ516 區間的QTL對葉綠素含量和產量性狀的效應方向正好相反，密陽46 的等位基因增加劍葉和倒二葉的葉綠素含量，但降低每穗總粒數、千粒重和單株產量；在第8 染色體的 RG978-RM210B區間，倒三葉葉綠素含量 QTL 和每穗實粒數 QTL 的增效等位基因均來自珍汕 97B。控制劍葉和倒二葉葉綠素 a 含量的 2 對上位性QTL 的貢獻率zui大，且比較相近；而檢測到的控制劍葉、倒二葉、倒三葉葉綠素 b 含量的 6 對上位性 QTL的貢獻率變幅在 3.52%～8.64%之間。在這 8 對上位性作用中，有 6 對上位性 QTL 重組型組合起增效效應，只有控制倒二葉、倒三葉葉綠素 b 含量的 2 對上位性QTL 是親本型起增效效應。
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