超高通量基因組測序系統(tǒng)Genome Sequencer FLX System的詳細(xì)介紹
超高通量基因組測序系統(tǒng)強(qiáng)大的羅氏第二代超高通量基因組測序系統(tǒng)GS FLX,配備全新的GS FLX Titanium系列試劑,加速生命科學(xué)各個領(lǐng)域的快速發(fā)展。
GS FLX系統(tǒng)具備專業(yè)的分析工具,涵蓋用于圖譜繪制、序列拼接和擴(kuò)增子變異檢測等各類簡單、易操作的圖形用戶界面(GUI)。測序讀長更長,
■ 平均可達(dá)400-500bp(圖1);
■ 通量更高,每單次運(yùn)行可獲一百萬條高質(zhì)量數(shù)據(jù);
■ 速度更快,完成一次測序僅需10小時;
■ 準(zhǔn)確率更高,單條讀長超過400bp時,測序準(zhǔn)確率仍高于99.6% ;
■ 多倍覆蓋下,準(zhǔn)確率高于99.99%。
靈活的GS FLX系統(tǒng), 突破更多的應(yīng)用領(lǐng)域
■ 全新基因組測序和序列拼接
■ 重測序和圖譜繪制
■ 轉(zhuǎn)錄組分析
■ 表觀遺傳學(xué)變異檢測
■ 宏基因組學(xué)和微生物多樣性
■ 古生物DNA
■ 病毒基因組測序
■ HIV 測序
■ 擴(kuò)增子重測序
上樣及樣品DN斷化
GS FLX系統(tǒng)支持各種不同來源的樣品序列測定:包括基因組DNA、PCR產(chǎn)物、BACs和cDNA等等。基因組DNA和BACs等樣品需被打斷至600-900bp的小片斷。對于像非編碼RNA或PCR擴(kuò)增子等小分子樣品,則不需要這一步。而通過GS融合引物擴(kuò)增得到的短片段PCR產(chǎn)物可以直接將其固定于DNA捕獲磁珠上,如下文“一個片段=一顆磁珠”中所示。
文庫的制備
利用分子生物學(xué)技術(shù),將3'和5'端的特異性接頭(A和B)連接至每
斷即構(gòu)成了工作流程中的DNA文庫。(其中GS FLX Titanium 系列試劑盒提供的接頭A和B片段不同于GS FLX 標(biāo)準(zhǔn)系列試劑盒提供的)。
一個片段 = 一顆磁珠
單鏈DNA文庫被固定于特殊設(shè)計(jì)的DNA捕獲磁珠上。特異接頭使各條DNA 片段分別結(jié)合于各自的磁珠之上。結(jié)合有不同DNA的磁珠文庫經(jīng)油水混合的擴(kuò)增試劑
乳化分散后,形成成百上千顆微乳滴, 每一微乳滴內(nèi)僅含有一顆磁珠和一條特異的樣品DN段。
emPCR 擴(kuò)增(乳滴PCR)
每一DN段在其各自的微乳滴中進(jìn)行獨(dú)立擴(kuò)增,排除了其它競爭性或污染性序列對PCR反應(yīng)的影響。所有DN段平行擴(kuò)增,各個磁珠上的不同DN段均獲得數(shù)
百萬個擴(kuò)增拷貝。隨后,打破微乳滴,得到結(jié)合于各磁珠的特異擴(kuò)增片斷。
一顆磁珠 = 一條讀長
將所有結(jié)合有DN段的磁珠置于PicoTiterPlate(PTP板)中進(jìn)行測序。PTP板的孔徑恰好僅能容納一顆磁珠。將PTP板置于GS FLX測序儀中,單個核苷酸依次流經(jīng)孔洞
和DNA捕獲磁珠間。當(dāng)所加入的一種或多種核苷酸與模板互補(bǔ)時,便產(chǎn)生化學(xué)發(fā)光信號,進(jìn)而被 GS FLX系統(tǒng)的CCD相機(jī)記錄。
數(shù)據(jù)分析
通過信號強(qiáng)度和PTP板上的位置信息,內(nèi)置軟件能夠在10小時測序運(yùn)行的同時對1,000,000條數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。對于測序數(shù)據(jù)的分析,三種不同的生物信息學(xué)分析工具分
別支持以下應(yīng)用:(1)對高達(dá)400Mb大小的全新基因組拼接;(2)對高達(dá)3Gb大小的基因組圖譜分析;(3)專用于擴(kuò)增子重測序的圖形用戶界面。
超高通量基因組測序系統(tǒng)Genome Sequencer FLX System下載
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